В паспорт не вписывают и самим вроде бы нельзя ставить никаких отметок, т.к. паспорт могут посчитать недействительным из-за этого.
Прописывать детей можно сразу после регистрации ребенка в Рагсе, у нас и Ульяна и Матвей прописаны. Просто идешь в паспортный стол, владелец квартиры пишет заявление, что прошу прописать мою сына...дочь..., а жена(муж) подписывают, что не возражают и все, в карточку(которая то ли в жеке то ли в паспортном столе хранится) вписывают ребенка.