я б написала на имя директора заявление с описанием сложившейся ситуации, обязательно с указанием фамилии бухов, которые разговаривали, а в конце: в связи со сложившейся ситуацией сумму переначисления прошу высчитать из последующих выплат (если таковые предвидятся, можно их перечислить).
директор то ведь подписывал приказ о выплате вам такой-то суммы, а о данной ситуации скорее всего не в курсе еще!
а такие вид санкций, как пеня, я считаю, в данном случае не уместны, разве что у вас в коллективном договоре что-то подобное есть, но я такого не встречала лично.
писульку сию направить заказным письмом с уведомлением и пусть думают.