есть специальный сифон, вот такой например. При покупке сифона надо будет продавцу сказать приблизительный размер камешков грунта, а то если сильно мощный сифон будет, то будет и камешки поднимать.
Широкий конец надо углубить в грунт, а шланг опустить в емкость (бак, кастрюлю). Вода будет с дна поднимать мусор, органические отходы, а камешки останутся на месте. Этот сифон надо двигать по грунту (вынимая из него и опуская снова), пока не почистишь все дно. Вот посмотришь, мусора там будет очень много.